近日,我校生命科學(xué)學(xué)院王占旗副教授與中國(guó)農(nóng)科院植保所/浙江大學(xué)周雪平教授團(tuán)隊(duì)和浙江大學(xué)李飛教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合構(gòu)建了雙生病毒-植物-昆蟲數(shù)據(jù)庫(kù)GPIBase(Geminiviridae-Plant-Insect Database),,研究成果“GPIBase: A comprehensive resource for geminivirus–plant–insect research”正式發(fā)表于國(guó)際著名學(xué)術(shù)期刊《Molecular Plant》(中科院一區(qū)TOP,,2021IF = 21.95,2022即時(shí)影響因子IF = 26.52),。
該數(shù)據(jù)庫(kù)共包括五大主要模塊:
1)“Browse”:包括雙生病毒,、病毒宿主、病毒寄主以及病毒伴隨衛(wèi)星β信息的完整搜索與下載,,同時(shí)詳情界面提供了全面的基礎(chǔ)與遺傳信息,;
2)“Network”:將病毒-植物-昆蟲的互作關(guān)系通過網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化,直觀分析不同病毒,、宿主和寄主的關(guān)系,;
3)“Phylogeny”:基于雙生病毒全基因組序列比對(duì),構(gòu)建了目前最為全面的雙生病毒科的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,;
4)“Tools”:提供了BLAST功能進(jìn)行病毒基因蛋白的比對(duì)與搜索,;
5)“Literature”:及時(shí)更新雙生病毒相關(guān)的研究進(jìn)展,同時(shí)通過分析雙生病毒文獻(xiàn)作者,,初步構(gòu)建了國(guó)際雙生病毒研究人員社區(qū),。該數(shù)據(jù)庫(kù)為雙生病毒的后續(xù)研究提供了便捷和重要基礎(chǔ),。
GPIBase提供了最完整的雙生病毒、病毒寄主信息,、病毒媒介遺傳信息,,病毒-植物-昆蟲互作信息以及多種在線工具,可實(shí)現(xiàn)相關(guān)文獻(xiàn)同步更新,,并初步搭建了國(guó)際雙生病毒研究人員社區(qū),。
論文鏈接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1674205223000400
通訊員:姜露
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